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分析目的

越來越多的證據(jù)表明，腫瘤微環(huán)境(免疫細胞浸潤)在腫瘤的發(fā)生和發(fā)展中起著重要作用，并且還可以影響患者的預(yù)后。腫瘤免疫微環(huán)境是揭示腫瘤及亞型異質(zhì)性和患者不同預(yù)后和治療反應(yīng)的重要因素。

數(shù)據(jù)來源

自測數(shù)據(jù)或公共數(shù)據(jù)庫里的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

分析方法
通過分析腫瘤樣品的免疫和基質(zhì)評分以檢測差異表達基因，篩選腫瘤微環(huán)境中的關(guān)鍵預(yù)后基因，并構(gòu)建了腫瘤微環(huán)境相關(guān)的預(yù)后模型。首先，從TCGA數(shù)據(jù)庫獲得了腫瘤患者的mRNA-Seq和相關(guān)臨床信息，并使用ESTIMATE算法計算了腫瘤組織的基質(zhì)和免疫評分。然后，進行功能富集分析，并從與腫瘤微環(huán)境高度相關(guān)的差異基因中生成了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。最后，對TCGA的腫瘤數(shù)據(jù)集進行Cox比例風(fēng)險回歸分析，并對浸潤的免疫細胞和人類蛋白質(zhì)圖譜進行分析。

分析內(nèi)容
（1）差異表達基因的鑒定、每個樣本的各類免疫細胞組分
（2）腫瘤 vs 對照的免疫細胞組分差異表達分析

分析結(jié)果示例圖