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真菌HI-C

組學(xué)測(cè)序

真菌HI-C

產(chǎn)品介紹

真菌染色體構(gòu)象捕獲(Chromosome Conformation Capture,Hi-C)能夠幫助科學(xué)家在三維空間中解析真菌染色體的結(jié)構(gòu)。其工作原理是基于交聯(lián)劑將空間上相互靠近的DNA片段固定,然后通過(guò)酶切、連接等一系列復(fù)雜的生物化學(xué)步驟,構(gòu)建出能夠反映染色體三維結(jié)構(gòu)的文庫(kù)。這些文庫(kù)可以通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行分析,從而獲得真菌染色體不同區(qū)域之間的相互作用信息。通過(guò)構(gòu)建真菌染色體結(jié)構(gòu)的進(jìn)化圖譜,探索在真菌進(jìn)化過(guò)程中染色體結(jié)構(gòu)的變化規(guī)律,以及這些變化如何影響真菌的生物學(xué)特性,如致病性、環(huán)境適應(yīng)性等。


產(chǎn)品特點(diǎn)

1、高分辨率:真菌HI - C能夠提供高分辨率的染色體三維結(jié)構(gòu)信息。它可以精細(xì)地描繪出真菌染色體上不同基因位點(diǎn)之間的相互作用,精確到幾千個(gè)堿基對(duì)的級(jí)別。

2、全基因組覆蓋:該技術(shù)能夠覆蓋整個(gè)真菌基因組,研究人員可以全面了解基因組在三維空間中的組織方式,發(fā)現(xiàn)基因組中的遠(yuǎn)程相互作用和染色體間的相互作用。

3、多維度信息整合:真菌HI - C的數(shù)據(jù)可以與其他多種組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行整合。例如,結(jié)合基因表達(dá)數(shù)據(jù)、染色質(zhì)修飾數(shù)據(jù)等,能夠構(gòu)建出一個(gè)更加完整的真菌基因組功能圖譜。當(dāng)把HI - C數(shù)據(jù)與基因表達(dá)數(shù)據(jù)整合時(shí),可以分析染色體結(jié)構(gòu)變化與基因表達(dá)水平變化之間的相關(guān)性。以在不同生長(zhǎng)階段的真菌為例,通過(guò)整合這兩種數(shù)據(jù),可以觀察到在菌絲生長(zhǎng)和孢子形成階段,染色體結(jié)構(gòu)的動(dòng)態(tài)變化如何影響相關(guān)基因的表達(dá),從而揭示真菌生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。


結(jié)果展示


送樣建議

單細(xì)胞真菌:顯微鏡下觀察酵母菌生長(zhǎng)狀態(tài),盡量收集生長(zhǎng)期處于對(duì)數(shù)期的酵母菌;將適量體積的酵母菌液轉(zhuǎn)移至將2mL旋蓋尖底離心管中(無(wú)菌,無(wú)核酸酶),于室溫下14000×g 離心1min;棄盡培養(yǎng)基,將酵母細(xì)胞沉淀迅速置于液氮中冷凍3h以上,然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存。

大型真菌:從菌體上,取下生長(zhǎng)旺盛的組織,用無(wú)菌水沖洗干凈,再使用 75%乙醇沖洗,用吸水紙吸干樣品表面;如果組織體積較大,應(yīng)盡量將組織剪切成長(zhǎng)寬高均≤0.5cm 的小塊;將處理好的組織樣本保存于2ml 或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準(zhǔn)備好的錫箔紙包裹組織

保存及運(yùn)輸:樣本-80 °C或液氮中長(zhǎng)期保存,干冰運(yùn)輸。

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