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孟德爾隨機化分析

組學測序

孟德爾隨機化分析

分析目的

孟德爾隨機化(Mendelian randomization,簡稱MR)是一種基于遺傳變異的因果推斷方法。近年來,隨著生物學界發(fā)現(xiàn)了大量與特定性狀緊密相關(guān)的遺傳變異,加上許多大樣本全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)公開發(fā)布了數(shù)十萬個暴露和疾病與遺傳變異關(guān)系的匯總數(shù)據(jù),這些匯總數(shù)據(jù)使得研究者能估計大樣本數(shù)據(jù)中的遺傳關(guān)聯(lián),從而促進了MR研究發(fā)展。    

                                                                                               
數(shù)據(jù)來源

從GWAS中獲取、從已經(jīng)發(fā)表的MR文章中獲取、R program提取等方法;挑出來研究和暴露相關(guān)的基因SNPs。


分析方法

利用SNPs、beta值、se值、pval,eaf、效應(yīng)等位基因(effect allele)和對照基因(other allele)。確定工具SNPs從相關(guān)SNPs再中篩選出符合MR假設(shè)的工具SNPs。進行MR分析,用反向方差加權(quán)(IVW)方法進行分析,敏感性分析。
分析內(nèi)容
(1)MR分析的結(jié)果
(2)行敏感性分析結(jié)果


分析結(jié)果示例圖

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