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Hi-C測(cè)序即高通量染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)測(cè)序,是一種用于研究全基因組范圍內(nèi)染色質(zhì)DNA在空間位置上的關(guān)系,進(jìn)而獲得高分辨率染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的技術(shù),通過(guò)甲醛交聯(lián)使染色質(zhì)內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)之間、DNA與DNA之間的相互作用固定,然后用限制酶切割染色質(zhì),使DNA片段化,接著在稀釋條件下將末端連接,形成包含不同基因組位點(diǎn)相互作用信息的嵌合DNA分子,再經(jīng)過(guò)純化構(gòu)建文庫(kù),最后利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序,并結(jié)合生物信息分析方法,將測(cè)序得到的讀長(zhǎng)定位到基因組上,構(gòu)建出全基因組范圍內(nèi)的染色質(zhì)相互作用圖譜,從而揭示染色體的三維結(jié)構(gòu)以及基因在細(xì)胞核內(nèi)的空間組織和調(diào)控關(guān)系。
全面性:Hi-C測(cè)序能夠在全基因組范圍內(nèi)捕獲染色質(zhì)DNA的相互作用,提供整個(gè)基因組的三維結(jié)構(gòu)信息,而不是局限于特定的基因或區(qū)域,有助于全面了解基因組的空間組織和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
高分辨率:隨著技術(shù)的不斷發(fā)展和改進(jìn),Hi-C測(cè)序的分辨率不斷提高,可以檢測(cè)到更精細(xì)的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和相互作用,如拓?fù)湎嚓P(guān)結(jié)構(gòu)域(TADs)、染色質(zhì)環(huán)等,能夠深入解析基因與基因之間、基因與調(diào)控元件之間的空間關(guān)系,為研究基因調(diào)控機(jī)制提供更準(zhǔn)確的信息。
多維度信息整合:Hi-C數(shù)據(jù)可以與其他組學(xué)數(shù)據(jù),如轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、Chip-seq數(shù)據(jù)等進(jìn)行整合分析,從而更全面地闡述生物體性狀形成的相關(guān)機(jī)制。例如,結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以研究染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)對(duì)基因表達(dá)的影響,整合Chip-seq數(shù)據(jù)可以探究蛋白質(zhì)結(jié)合與染色質(zhì)構(gòu)象變化之間的關(guān)聯(lián)。
環(huán)境樣品 | 送樣要求(濃度≥20ng/ul,總量≥3ug ) | 保存及運(yùn)輸 |
單細(xì)胞真菌 | 顯微鏡下觀察酵母菌生長(zhǎng)狀態(tài),盡量收集生長(zhǎng)期處于對(duì)數(shù)期的酵母菌;將適量體積的酵母菌液轉(zhuǎn)移至將2mL旋蓋尖底離心管中(無(wú)菌,無(wú)核酸酶),于室溫下14000×g 離心1min;棄盡培養(yǎng)基,將酵母細(xì)胞沉淀迅速置于液氮中冷凍3h以上,然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存 | 樣本-80 °C或液氮中長(zhǎng)期保存,干冰運(yùn)輸 |
大型真菌 | 從菌體上,取下生長(zhǎng)旺盛的組織,用無(wú)菌水沖洗干凈,再使用 75%乙醇沖洗,用吸水紙吸干樣品表面;如果組織體積較大,應(yīng)盡量將組織剪切成長(zhǎng)寬高均≤0.5cm 的小塊;將處理好的組織樣本保存于2ml 或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準(zhǔn)備好的錫箔紙包裹組織 |
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